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    chi-biotech 简化基因组测序


     

    2b-RAD是2012年wang等推出基于II B型限制性内切酶的大规模SNP标记开发和分型的技术(Nature Methods(Wang et al, 2012))。该技术克服了RAD-Seq、GBS等技术的缺点,通过基因组酶切产生等长的33-36bp的酶切标签,标签富集后测序分析,实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。


    技术特点


    1、具有极强的灵活性,标签数目多少可控

    2、标签长度一致,PCR时具有一致的扩增效率

    3、标签具有位置特异性,不依赖于参考序列和组装结果

    4、除可利用共显性标记SNP之外,还可以利用显性标记

    5、基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型新算法(iML),可有效去除重复序列对分型的干扰,

    分型准确率明显优于目前已有算法,假阳性降低高达20%


    技术流程


    生物信息分析内容



    基础信息分析

    1、数据预处理

    2、高质量标签获取

    3、标签聚类 

    4、基于iML算法的SNP分型

    5、标记分离分析

    6、遗传图谱构建

    定制信息分析内容

    1、QTL定位(需客户提供表型数据)

    2、遗传图谱整合(需客户提供原图谱数据)

    3、全基因组关联分析



    应用方向


    1、高密度遗传图谱及QTL精细定位

    2、群体遗传学研究

    3、群体进化分析

    4、全基因组关联分析


    技术参数


    样本类型:基因组DNA,样本总量≥1 μg, 样本浓度≥200 ng/μL

    基因组标签平均密度:2kb

    标签平均深度:≥20X

    分型准确率:≥95%

    测序策略:HiSeq PE150

    项目周期:60个工作日



    备注:

    物种:待测样品为二倍体生物,对于多倍体物种暂不适用

    样品背景:明确的作图群体间的亲缘关系,检测子代个体数≥100













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