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    chi-biotech 真菌denovo测序


      真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品,由于基因组较大且比较复杂,推荐先对真菌样品进行初级组装,再根据初级组装的结果进行高级组装,以提高组装质量。根据组装结果,可预测真菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。


           根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,真菌基因组测序提供以下两种产品类型:真菌框架图、真菌精细图。


    技术路线

    技术参数


    真菌框架图

    真菌精细图

    样本类型

    基因组DNA

    基因组DNA

    总量、浓度要求

    m≥2 μg,c≥50 ng/μL

    m≥30 μg,c≥100 ng/μL

    测序平台

    HiSeq PE150

    PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合

    测序策略

    ≥100X

    小片段文库(350bp)≥100X

    大片段文库(10K)≥100X

    建库策略

    小片段文库(350bp)

    小片段文库(350bp)+大片段文库(10K)

    指标

    初级组装

    简单基因组,Scaffold N50≥500K

    复杂基因组,Scaffold N50≥300K

    项目周期

    30个工作日

    60个工作日




    生物信息分析内容



    1、数据质控

    2、Denovo组装

    3、基因组组分分析(基因预测、重复序列、非编码RNA)
    4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
    5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy)
    6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)












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